Partenaires

Le GR-Ex s’appuie sur un réseau solide de partenaires académiques, hospitaliers, institutionnels et industriels, qui partagent une ambition commune : faire progresser la recherche sur les maladies des globules rouges et améliorer la prise en charge des patients. Ces collaborations constituent un levier essentiel pour développer des projets innovants, favoriser le transfert des connaissances et renforcer l’impact des travaux menés au sein du réseau.

Grâce à cette dynamique partenariale, le GR-Ex bénéficie d’un environnement scientifique et technologique de haut niveau, propice aux échanges interdisciplinaires et à l’émergence de nouvelles approches. Ensemble, les partenaires contribuent à faire avancer la recherche, à former les talents de demain et à porter des solutions concrètes au service de la santé.

CAREST

La collaboration avec CAREST permet de renforcer les liens scientifiques avec la région Caraïbe et de développer des projets collaboratifs autour des maladies héréditaires du globule rouge. Elle favorise le partage d’expertise et la mise en place d’études multicentriques.

CGRF

Le partenariat avec le CGRF s’inscrit au cœur des activités scientifiques du GR-Ex. En réunissant des expertises complémentaires en biologie, physiologie et pathologie des globules rouges, cette collaboration permet de renforcer les approches fondamentales et translationnelles dans le domaine. Ce lien étroit favorise le développement de projets innovants, le partage de ressources et de compétences, ainsi que la structuration d’une communauté scientifique dédiée à l’étude du globule rouge. Ensemble, le CGRF et le GR-Ex contribuent à faire émerger de nouvelles connaissances et à accélérer les avancées dans la compréhension et le traitement des maladies érythrocytaires.

DREP.AFRIQUE

Le partenariat avec DREP.Afrique s’inscrit dans une démarche internationale visant à améliorer la connaissance et la prise en charge de la drépanocytose dans les zones à forte prévalence. Il contribue au développement d’actions de sensibilisation, de formation et de recherche adaptées aux contextes locaux.

Nom de l’équipe – Date de création	DREPAFRIQUE
Chef d’équipe	Pr Jean-Benoit Arlet
Nom complet du Partenaire	ONG DREP.AFRIQUE
Adresse postale	193 avenue du Maine 75014 PARIS
Site web du Partenaire	www.dep-afrique.org
Contact	Sébastien Jan
Organigramme	site
Résumé de la thématique	ONG Française qui vise à améliorer la vie de patients drépanocytaires en Afrique. Il s’appuie sur 3 actions principales : la formation de soignants grâce à un diplôme inter-universitaire Francophone et un congrès annuel (FIFDA) ; l’accès à l’hydroxyurée, traitement de fond de la maladie, avec la création de la marque de générique DREPAF et l’obtention de l’autorisation de mise sur le marché au Sénégal. Produit localement et vendu à prix coutant, cela a baissé le cout d’au moins la moitié et est rendu disponible dans toutes les pharmacies du Sénégal. L’extension à d’autres pays est en cours. Le plaidoyer international pour sortir cette maladie de l’oublie avec de nombreux articles de presses papier, télé et web.
Mots clés	Drépanocytose, Afrique, ONG, humanitaire
Principales publications	Use of hydroxyurea in French-speaking Sub-Saharan Africa Availability of blood products and transfusion practices in sub-saharan Africa for the management of patients with sickle cell disease: A survey in 16 countries.

EFS

La collaboration avec l’Établissement français du sang constitue un pilier essentiel des activités du GR-Ex. Elle permet de renforcer les liens entre recherche et pratique transfusionnelle, notamment dans la prise en charge des patients atteints de maladies des globules rouges. Ce partenariat favorise également l’accès à des ressources biologiques de qualité et le développement de projets innovants autour du don de sang et des thérapies associées.

FEINSTEIN INSTITUTE

Le partenariat avec le Feinstein Institute for Medical Research ouvre des perspectives internationales en matière de recherche biomédicale. Il permet de développer des collaborations scientifiques de haut niveau et de bénéficier d’une expertise complémentaire, notamment dans les approches translationnelles et cliniques.

FilRouge

Le GR-Ex collabore étroitement avec la filière FilRouge afin d’améliorer la structuration des soins et la coordination des acteurs impliqués dans les maladies rares du globule rouge. Cette synergie favorise le lien entre recherche, expertise clinique et parcours de soins des patients.

Institut de Santé Globale

La collaboration entre l’Institut de Santé Globale, porté par le Xavier Jouven, et le GR-Ex s’inscrit dans une approche intégrée et internationale de la recherche en santé. Elle vise à mieux comprendre les déterminants globaux des maladies des globules rouges, notamment dans des contextes à forte prévalence comme l’Afrique, en croisant les expertises en épidémiologie, en clinique et en biologie.

Ce partenariat permet de développer des projets de recherche à grande échelle, d’améliorer la collecte et l’analyse de données en population, et de renforcer les liens entre recherche fondamentale et enjeux de santé publique. En favorisant une approche globale et collaborative, cette synergie contribue à faire émerger des solutions adaptées aux réalités des patients, tout en renforçant la portée internationale des actions du GR-Ex.

Institut Imagine

La collaboration avec l’Institut Imagine permet de renforcer les approches génétiques et moléculaires dans l’étude des maladies des globules rouges. Ce partenariat contribue à accélérer l’identification des mécanismes pathologiques et à développer des stratégies innovantes en médecine de précision grâce à la mise en place d’une étude prospective non interventionnelle avec plus de 2000 échantillons biobanqués (pathologies du globule rouge).

Université de Montpellier

La collaboration avec l’Université de Montpellier contribue à renforcer les interactions académiques et la formation à la recherche. Elle favorise le développement de projets interdisciplinaires et l’intégration de nouvelles compétences au sein du réseau GR-Ex.

Nom de l’équipe – Date de création	Dynamique chromatinienne et hématopoïèse – depuis 2016	Laboratoire d’Immunothérapie et d’Hématopoïèse – depuis 2016	Simulations des écoulements sanguins (IMAG) – depuis 2010	Physique et Mécanique des Systèmes Biologiques– depuis 2019
Chef de laboratoire	Dr Eric Soler	Dr Naomi Taylor & Dr Valerie Zimmermann	Dr Franck Nicoud	Dr Manouk Abkarian
Nom complet du Laboratoire	IGMM – Institut de Génétique Moléculaire de Montpellier / CNRS UMR5535	Institut de Génétique Moléculaire de Montpellier / CNRS UMR5535	Institut Montpelliérain Alexander Grothendieck	Centre de Biologie Structurale
Adresse postale	1919 route de mende, 34293 Montpellier- Cedex 5 – France	1919 route de mende, 34293 Montpellier- Cedex 5 – France	IMAG – UMR 5149, Université de Montpellier, Case courrier 051, Place Eugène Bataillon 34090 Montpellier	29, rue de Navacelles 34090 Montpellier Cedex
Site web du laboratoire/plateforme	site	site	site	site
Contact	Dr Eric Soler	Dr Naomi Taylor & Dr Valerie Zimmermann	Simon Mendez	Emmanuel Margeat
Tutelle	CNRS, Université de Montpellier	CNRS, Université de Montpellier	CNRS, Université de Montpellier	CNRS, INSERM, Université de Montpellier
Organigramme	Organigramme Eric Soler	Organigramme_Dr Naomi Taylor & Dr Valerie Zimmermann	Direction scientifique : Simon Mendez (CR CNRS) & Franck Nicoud (Prof. Univ. Montpellier, IUF) Ingénieur de recherche CNRS : Rémy Dubois Doctorants : Pierre-Louis Martin, Clément Fraud, Delfin Calles, Post-doctorant : Barthélémy Thibaud
Thématique	Nous étudions le processus de différenciation érythroïde, en nous intéressant particulièrement au rôle des facteurs de transcription et des régulateurs de la chromatine qui établissent des programmes d’expression génique dynamiques. Nous intégrons des données génomiques complètes à des analyses 3D du génome afin de comprendre les mécanismes qui régissent la différenciation érythroïde, aussi bien chez la souris que dans des cellules humaines primaires. De plus, nous utilisons des techniques d’apprentissage automatique pour identifier les règles et les facteurs de régulation agissant aux différentes étapes de la différenciation érythroïde, dans le but de prédire et de valider de nouveaux facteurs de régulation et de décrypter la grammaire de l’ADN codée dans les activateurs érythroïdes.	Nos recherches visent notamment à comprendre comment les programmes métaboliques régulent la différenciation érythroïde et plus particulièrement comment la disponibilité et l’utilisation des nutriments influencent le devenir des cellules souches hématopoïétiques et progénitrices. Nous avons identifié des points de contrôle métaboliques clés qui lient la détection des nutriments à la régulation de la traduction et de la fonction mitochondriale au cours de l’érythropoïèse. Parmi ceux-ci figurent notamment la biosynthèse des nucléotides dépendante de la glutamine ainsi que l’axe arginine–polyamines–hypusination de eIF5A. Plus largement, nos travaux montrent que la différenciation érythroïde repose sur l’intégration étroite entre le métabolisme des nutriments, l’homéostasie redox et la synthèse protéique, avec notamment des voies comme la régulation redox dépendante de la vitamine C favorisant une différenciation efficace en conditions de stress. Plus récemment, nous avons mis en évidence le rôle de la disponibilité en acides aminés dans la régulation de l’érythropoïèse via des mécanismes épitranscriptomiques, et notamment via le contrôle des modifications des ARNt dépendantes des nutriments et de la fidélité de la traduction. Nous avons également étendu ces principes aux cellules immunitaires, où la régulation métabolique module de manière similaire la fonction des lymphocytes T ainsi que les réponses aux traitements. En combinant des approches de génomique fonctionnelle et de métabolisme, notre objectif est donc de mieux comprendre comment ces voies contrôlent la différenciation érythroïde versus myéloïde, dans des contextes aussi bien physiologiques que pathologiques. Nous cherchons également à exploiter ces connaissances pour développer de nouvelles stratégies thérapeutiques contre les maladies caractérisées par une érythropoïèse inefficace, telles que les ribosomopathies et les syndromes myélodysplasiques.	L’équipe « Simulations numériques des écoulements sanguins », dirigée par S. Mendez et F. Nicoud, a pour objectif de développer un logiciel numérique efficace et fiable pour simuler les écoulements sanguins et la dynamique des cellules sanguines. Ce logiciel est conçu pour analyser les dispositifs médicaux en contact avec le sang et les écoulements physiologiques. L’ensemble des développements est intégré à la plateforme numérique YALES2BIO, principalement développée à l’IMAG et actuellement utilisée dans plusieurs laboratoires et entreprises en France. Les thèmes de recherche récents de l’équipe incluent : la dynamique des globules rouges sous écoulement, le diagnostic des globules rouges, la modélisation de la thrombose et la dynamique des plaquettes dans les écoulements, l’écoulement à travers les valves veineuses, l’imagerie par résonance magnétique.	Le Centre de Biologie Structurale (CBS) est une Unité Mixte de Recherche CNRS (UMR 5048) –INSERM (U 1054)-Université de Montpellier à vocation fondamentale et multidisciplinaire. L’objectif général du CBS est de mener des recherches à la pointe de la biologie structurale, de la biophysique et de la bio-ingénierie afin de décrire et de comprendre les mécanismes physico-chimiques à la base des processus biologiques, du niveau moléculaire et cellulaire jusqu’aux assemblages supramoléculaires dans le contexte d’organismes vivants. Ces connaissances servent au développement de nouveaux outils pour la recherche ou à la conception de nouvelles stratégies de diagnostic ou de thérapie trouvant des applications en santé humaine.
Principales publications	Efficient genome editing in erythroid cells unveils novel MYB target genes and regulatory functions Var∣Decrypt: a novel and user-friendly tool to explore and prioritize variants in whole-exome sequencing data Erythroid Cell Research: 3D Chromatin, Transcription Factors and Beyond.	Arginine metabolism regulates human hematopoietic differntiation and erythropoiesis through hypusination of eIF5A An IDH1-vitamin C crosstalk drives human erythroid development by inhibiting pro-oxidant mitochondrial metabolism Glucose and glutamine metabolism regulate human hematopoietic stem cell lineage specification	Mathematical and computational modeling of device-induced thrombosis Red blood cell rheology during a complete blood count: a proof of concept Red cells dynamic morphologies govern blood shear thinning under microcirculatory flow conditions	Uniaxial cyclic stretch regulated the expression of thrombomodulin and von Willebrand factors on endothelial cells Spatio-temporal dynamics of the proton motive force on single bacterial cells In vitro red blood cell segregation in sickle cell anemia Microfluidic blood vasculature replicas using backside lithography In-plane elasticity controls the full dynamics of red blood cells in shear flow Flow-induced transitions of red blood cell shapes under shear
Mots clés	Chromatin, transcription factors, functional genomics, chromatin looping, enhancers, CRISPR-Cas9, machine learning, bioinformatics	Erythropoïèse ; Métabolisme ; transporteurs de nutriments ; Anémie de Blackfan-Diamond ; Syndromes myélodysplasiques	Computational fluid dynamics, fluid-structure interaction, red blood cells, microcirculation, macrocirculation, Flow imaging, rheology.	Mécanique, écoulement, rhéologie, dynamique des globules rouges, coagulation
Techniques utilisées / Expertises	Graphical Abstract High throughput chromatin profiling assays : ATAC-Seq, CUT&RUN, CUT&TAG 3D genome assays: Capture-C, 4C-Seq Genome engineering : CRISPR-Cas9 (KO/KI), CRISPRi/CRISPRa High-throughput screening : Genome-wide CRISPR screens Proteomics/biochemistry : IP-MS, BioID/TurboID	Plateforme Seahorse Plateforme Spatial Imaging Mass Cytometry and Transcriptomics – SIMCaT	Techniques utilisées / Expertises : Mathematical modeling, Computational Fluid Dynamics, Blood rheology, blood cell dynamics Plateforme disponible : Numerical software for flow simulations : YALES2BIO	Visual abstract_Manouk Abkarian Techniques utilisées / Expertises :Nano- and micro-manipulation, fast optical microscopy, holography, 2 beam FCS, FIB-SEM, microfluidics, macro- and micro-rheology Plateforme disponible : FCS, FCCS, TEM and FIB-SEM, Micro and Nanolithography, macro- and micro-rheology